《大清神捕》将背景设置在十九世纪中叶，鸦片战争后中国近代史正式拉开帷幕，时值清廷内忧外患，而此时的南方阳城，一起耸人听闻的剥皮案，更是引起各方势力的蠢蠢欲动。阳城县热血捕快白雪晴的查案之路被县长何玉庭

　　阎王宝藏一案之后，梅雨墨继承帝位，白雪晴逃离了京城。几年过去，阳城爆发瘟疫，蔓延至京城，梅雨墨带上佟安出宫微服私访，二人身陷黑店之际，被一日本女孩晴明所救。另一边，白雪晴同秦三川进京调查瘟疫的原因